Kaukoputkella tehdyt havainnot auringonpilkuista, Kuun pinnanmuodoista, Venuksen vaiheista ja Jupiterin kuista sekä niihin viittaaminen kopernikaanisen eli aurinkokeskisen maailmanjärjestyksen tukena vei Galilein kiistoihin katolisen kirkon ja kiivaiden kirkonmiesten kanssa.

Varsinaisesti kyseessä ei ollut tuomio vaan määräys, jonka mukaan Galilein tuli "pidättäytyä tyystin opettamasta tai puolustamasta tätä oppia ja mielipidettä tai keskustelemasta siitä… luopua kokonaan… näkemyksestä, että Aurinko pysyy paikallaan kaikkeuden keskellä ja Maa liikkuu, ja siten olla pitäytymättä, opettamatta tai puolustamatta sitä millään tavoin suullisesti tai kirjallisesti".

Galilein suhteen ei siis ryhdytty sen kummempiin kurinpidollisiin toimenpiteisiin, kunhan hän noudattaisi annettua määräystä. Asia ei kuitenkaan jäänyt tähän, ei Galilein eikä myöskään katolisen kirkon puolelta. 

Inkvisitio puuttui uudelleen Galilein puuhiin vuonna 1633 eikä – katolisen kirkon kannalta – ollenkaan syyttä. Vuonna 1632 oli ilmestynyt Dialogo dei due massimi sistemi del mondo eli "Dialogi kahdesta maailmanjärjestyksestä". 

Siinä Galilei tarkastelee kahden filosofin ja yhden maallikon käymän kuvitteellisen keskustelun muodossa kahta kilpailevaa näkemystä maailmankaikkeudesta sekä Maan ja Auringon keskinäisestä suhteesta. 

Näennäisesti käsittely on tasapuolista, mutta maakeskistä järjestelmää puolustavan filosofin nimestä Simplicio voi jo päätellä, kumpi näkemys on kirjassa voitolla ja kumpaa puolta vaivihkaisesti solvataan. Katolinen kirkko lisäsi teoksen kiellettyjen kirjojen listalle ja Galilei tuomittiin jumalanpilkasta.