virus

Akatemiapalkinnot Matti Jalasvuorelle ja Ville Kivimäelle

Ma, 02/19/2018 - 10:19 Toimitus
Matti Jalasvuori ja Ville Kivimäki. Kuvat: Suomen Akatemia

Viime vuoden akatemiapalkinnot jaettiin tällä kertaa normaalia myöhemmin, vuoden 2018 puolella. Viime torstaina pidetyssä tilaisuudessa akatemiatutkija Matti Jalasvuori Jyväskylän yliopistosta ja tutkijatohtori Ville Kivimäki Tampereen yliopistosta pokkasivat paitsi palkintoina olevat suupuhalletut, lasiset taideteokset, niin myös saivat ansaittua kunniaa.

Palkintoja on siis kaksi, yksi tieteelisestä rohkeudesta ja toinen yhteiskunnallisesta vaikuttavuudesta. 

Määritelmän mukaan Akatemiapalkinto tieteellisestä rohkeudesta myönnetään tieteellisestä rohkeudesta tutkijalle, joka on työssään osoittanut palkinnon nimen mukaisesti poikkeuksellista tieteellistä rohkeutta, luovuutta tai ennakkoluulottomuutta. Palkinnon voi saada esimerkiksi rohkeasta tai omaperäisestä uudesta tutkimusideasta, ennakkoluulottomasta tieteellisten rajojen ylittämisestä tai valmiudesta tutkimuksellisen riskin ottamiseen.

Palkinnon yhteiskunnallisesta vaikuttavuudesta saa tutkija, joka on merkittävällä tavalla tehnyt tunnetuksi tieteellistä tutkimusta tai tutkijan työtä, lisännyt toiminnallaan kiinnostusta tiedettä kohtaan, osallistunut tutkijana yhteiskunnalliseen keskusteluun tai edistänyt muuten tutkimuksen merkitystä, hyödyntämistä ja vaikuttavuutta yhteiskunnassa.

Antibioottiresistenssistä innostunut virustutkija

Tieteellisen rohkeuden palkinnon saanut akatemiatutkija Matti Jalasvuori on virustutkija (otsikkokuvassa vasemmalla), joka on eriskoistunut erityisesti virusten hyötykäytöstä antibiooteille vastustuskykyisten bakteeri-infektioiden hoidossa.

Jalasvuoren tutkimusaiheet ovat kuitenkin olleet vuosien varrella moninaisia. Hän on tutkinut muun muassa virusten ja elämän synnyn yhteyttä, ;virusten alkuperää, virusten ja seksuaalisen lisääntymisen evoluutiota sekä virusten käyttämistä syöpähoitona. 

"Opintojeni loppupuolella tajusin, että geneettisen tiedon siirtyminen organismista toiseen on hyvin merkittävä osa elämää ja viruksilla on siinä iso rooli", Matti Jalasvuori kertoo.

"Ymmärryksemme tästä kokonaisuudesta on kuitenkin vielä kovin vajavainen. Se on sittemmin toiminut yhdistävänä tekijänä hyvinkin erilaisissa tutkimuksissa, joiden pariin olen usein päätynyt vain, koska olen unohtunut pohtimaan tieteellisiä ongelmia illasta toiseen. Tällä niin sanotulla horisontaalisella geeninsiirrolla on myös paljon käytännön sovelluksia, ja se on pitkälti syypää antibioottivastustuskyvyn nopeaan leviämiseen."

Antibioottivastustuskyky on yksi merkittävimmistä ja kiireellisimmistä lääketieteen ongelmista.

Jalasvuori tutkii antibioottivastustuskyvyn leviämistä bakteereissa ja kehittää uudenlaisia virus- ja plasmidipohjaisia keinoja tämän vastustuskyvyn leviämisen estämiseksi.

Tutkimuksessaan hän yhdistää virustutkimuksen osaamistaan rohkean monitieteisellä tavalla, ja luo näin mahdollisuuksia uudenlaisten ratkaisujen löytymiseen antibioottivastustuskyvyn käytännön haasteisiin.

Jyväskylän yliopistossa työskentelevä Jalasvuori on julkaissut yleistajuisen Virus – elämän   synnyttäjä, kuoleman kylväjä, ajatusten tartuttaja -teoksen.

Hulluuden historiaa

Yhteiskunnallisesen vaikuttavuuden palkinnon sai tutkijatohtori Ville Kivimäki.

Otsikkokuvassa oikealla oleva Kivimäki on historioitsija, joka on tutkimuksissaan käsitellyt erityisesti sota-ajan sosiaali- ja kulttuurihistoriaa sekä mielenterveyden ja psykiatrian historiaa.

Palkintoperustelujen mukaan hän kykenee tutkimusotteensa kautta avaamaan keskustelua Suomen historiassa pitkään vaietuista, monia koskettaneista, kivuliaistakin aiheista.

Hänen tutkimuksensa ovat esimerkiksi nostaneet näkyville sodan piileviä vaikutuksia ja lähentäneet näin eri sukupolvien kokemuksia. Ymmärrys siitä, kuinka monin tavoin sota vaikuttaa yksilöihin ja yhteiskuntaan, voi auttaa hahmottamaan paremmin myös oman aikamme väkivaltaisten konfliktien seurauksia.

Tampereen yliopistossa dosenttina toimiva Kivimäki tuo tutkimustaan ja historian aineistoja laajasti yleisön ulottuville ja julkaisee paljon suomeksi. Muun muassa hänen väitöskirjaansa pohjautunut teos Murtuneet mielet sai Vuoden historiateos- ja Tieto-Finlandia -palkinnot vuonna 2013.  

”Erityisesti juuri historioitsijoilla on toinen yleisö akateemisen tutkijayhteisön ulkopuolella. Suomessa on erittäin sivistynyt suuri lukijakunta, joka harrastaa laajasti historiantutkimusta ja täyttää penkit historiaa käsittelevissä yleisötilaisuuksissa”, Kivimäki toteaa.

”Tämän yleisön kanssa historiantutkijat keskustelevat menneisyyden ja nykyisyyden suhteesta – ja siis myös nykyhetkestä ja tulevaisuudesta. Tälle yleisölle kirjoittaminen on tutkijoiden tehtävä siinä missä kansainväliselle tiedeyhteisöllekin kirjoittaminen.”

Kivimäen mielestä on mahdotonta mitata tämän keskustelun arvoa tai merkitystä, mutta monien aiheiden kannalta historiantutkimuksen yhteiskunnallinen vaikutus syntyy juuri keskustelussa suuren yleisön kanssa.

Juttu on Suomen Akatemian tiedote lähes suoraan kopioituna.

Hyttysistä löydetty uudenlainen virus Etelä-Amerikassa

Ti, 08/30/2016 - 13:47 Jarmo Korteniemi
Kuva: Bruno Biagioni / Jarmo Korteniemi

Suuressa virusten etsintäkampanjassa on tehty ällistyttävä löytö: ensimmäinen moniosainen virus, joka iskee eläimiin.

Löydetyn viruksen toimintaa voi havainnollistaa vaikkapa ihmisenä, jonka torso, kädet ja jalat kulkevat paikasta toiseen erillisissä paketeissa. Yksi junalla, toinen laivalla, mikä mitenkin. Perillä osat sitten kootaan, ja jos kaikki tarpeellinen on saapunut, niin ihminen toimii pienen venyttelytuokion jälkeen taas ihan täydellisesti.

Löytö tehtiin hyttysestä USAn armeijan tartuntatautien tutkimusinstituutissa. Tutkimusartikkeli julkaistiin Cell Host and Microbe -tiedelehdessä.

Virus sai alustavan nimen Guaico Culex virus (GCXV) löytöpaikkansa, Trinidadin Guaicon, mukaan. Sitä löytyi myös Peusta ja osittaisena Panamasta. Culex on isäntähyttysten suvun nimi.

Yleisesti otettuna virukset ovat vain RNA- tai DNA-koodinpätkiä, joita ympäröi proteiini- ja joskus rasvakuori. Ne soluttautuvat sisälle isäntäeliön soluihin ja valtaavat sen koneiston itsensä monistamista varten.

GCXV-viruksen perimä on kuitenkin jakaantunut osiin. Se on viidessä eri geenipätkässä, ja jokaisella on oma kuorensa. Osat kulkeutuvat isäntäeläimen soluihin yksi kerrallaan, eri reittejä. Hyttysen täytyy saada tartunta vähintään neljästä, mielellään jokaisesta viidestä viruksen geenipätkästä, jotta viruksen lisääntyminen voi alkaa. Viidennen osasen tarkoitusta ei tarkalleen tunneta, mutta se voi esimerkiksi kontrolloida viruksen toimintatehokkuutta ja vaarallisuutta.

Vastaavia osasina kulkeutuvia viruksia on löydetty aiemmin muitakin, mutta ainoastaan kasveilta ja sieniltä. Eläinviruksilla tuon tartuntatekniikan ei uskottu toimivan, mutta ennuste meni kuin menikin mönkään. Toistaiseksi ei ole selvillä, millaista evolutiivista etua virukset oikein saavat osasiin jakautumisesta.

Tutkimus on osa suurempaa projektia, jossa etsitään hyttysten levittämiä viruksia. Tarkoitus on löytää taudinaiheuttajat ennen kuin niistä koituu ongelmia. GCXV ei tartu ihmiseen.

Culex-suvun hyttyset kuitenkin levittävät useita ihmiselle vaarallisia virustauteja, kuten Länsi-Niilin virusta ja ns. St Louisin aivotulehdusta.

Tutkijat ovat kuitenkin löytäneet yhden GCXV:n lähisukulaisviruksen ugandalaisesta gueretsa-apinasta. Tämän viruksen perimä oli myös jakaantunut, mutta geenipätkät olivat yhä saman kuoren sisällä. Apinaa isäntänään pitävä virus voisi periaatteessa joskus vielä loikata ihmiseenkin.

Vuosittain tunnistetaan tuhansia uusia viruksia. Niitä löytyy joka lähtöön, ja ne vaivaavat kaikkia tunnettuja eliöryhmiä - niin eläimiä, kasveja ja sieniä, kuin myös bakteereja ja arkkejakin.

Varovainen arvio maailman virustyyppien määrästä on noin 100 miljoonaa ja ihmisiä vaivaa vähintään 129 virusta. Kumpikin luku on vain minimi-arvo.

Asiasta kertoi aiemmin NPR, Suomessa ensimäisenä Tiedetuubi.

Otsikkokuva: Bruno Biagioni / Jarmo Korteniemi

Epidemia saapuu raiteelle kolme

Ti, 02/23/2016 - 16:42 Toimitus


Ennen muinoin maapallon kiertämiseen kului vuosi. Nyt se onnistuu vuorokaudessa. Siinä ajassa paitsi ihmiset ja tavarat, niin myös tarttuvat taudit ennättävät matkustaa vaikka toiselle puolelle maailmaa. Jos – tai kun – uusi tappava tartuntatauti lähtee leviämään, saattaa se riistäytyä globaaliksi pandemiaksi hyvinkin nopeasti.

Ihmisten ja tavaroiden vapaa liikkuvuus tarkoittaa myös virusten vapaata liikkuvuutta. Niin nyt puheissa oleva zikavirus kuin viime kesänä otsikoissa ollut MERS huolettavat siksi terveysviranomaisia ja lääketieteen asiantuntijoita huomattavasti aiempaa enemmän. 

"Kun hellitään ihmisten ja tavaroiden vapaata liikkuvuutta, se tarkoittaa myös virusten ja bakteerien vapaata liikkuvuutta", toteaakin Helsingin yliopiston zoonoosivirologian professori Olli Vapalahti.

Epidemia yltyy, kun taudinaiheuttaja pääsee uuteen ympäristöön, jossa sille ei ole vastustuskykyä. Näin kävi esimerkiksi zikaviruksen kohdalla Etelä-Amerikassa. Raskauden aikana sairastettu zika aiheuttaa erittäin todennäköisesti vakavia kehityshäiriöitä sikiölle.

Liikkuvuuden lisäksi infektioiden leviämiselle altistaa kaupungistuminen. Kun on paljon ihmisiä lähekkäin, taudinaiheuttajat pääsevät nopeasti ihmisestä toiseen.

Virukset ovat vanha ja toistuva vaiva

Taudit ovat toki levinneet ennenkin. Esimerkiksi keltakuume tuli Afrikasta Etelä-Amerikkaan orjalaivojen mukana. Pahamaineisin zoonoosi eli eläimistä ihmisiin levinnyt tauti oli musta surma, jota levittivät rotat. Aiemmin pandemiat olivat harvinaisempia mutta toisaalta tuhoisampia, koska niitä vastaan ei osattu taistella.

"Nykyään taudit pystytään paljon paremmin toteamaan, nimeämään ja uutisoimaan", Vapalahti sanoo.

"On mahdollisuuksia hoitaa niitä ja rajoittaa niiden leviämistä. Ennen ne olivat mitä lie jumalan vitsauksia.

Ihmisiin tarttuvien virusten alkulähteitä ja levittäjiä ovat muun muassa lepakot, jyrsijät, linnut, hyttyset ja punkit. Tuotantoeläinten pitäminen isoissa yksiköissä on riski, joka mahdollistaa uusien eläinperäisten virusten muuntumisen ja tarttumisen ihmisiin.

Ilmastonmuutos vaikuttaa joidenkin levittäjien esiintymisalueisiin. Suomessa sekä puutiaisia että niiden levittämää aivokuumetta esiintyy nykyään entistä pohjoisempana.

Osa eläinperäisistä viruksista tarttuu eläimistä ihmisiin, mutta ei leviä ihmisestä toiseen. Osa taas pystyy muuntumaan niin, että leviäminen jatkuu ihmisten välillä. Jälkimmäisistä lähtevät liikkeelle vaarallisimmat pandemiat.

Myös virusten muuntumisessa on eroja. Influenssavirus muuntuu joka vuosi, ja rokotteita joudutaan jatkuvasti päivittämään.

Toiset virukset taas pysyvät enimmäkseen samanlaisina tai immuniteetti ainakin pärjää viruksen vähäisille muutoksille. Näitä ovat esimerkiksi puutiaisaivokuumeen aiheuttava TBE sekä todennäköisesti myös zikavirus. Vapalahti uskookin, että rokotteen kehittäminen zikaan on melko suoraviivainen juttu.

Voiko epidemioita sitten ehkäistä ennalta?

"Tärkeintä olisi päästä toteamaan infektio varhaisessa vaiheessa ja estää sen leviäminen ennen kuin muodostuu pitkiä tartuntaketjuja ihmisestä toiseen", Vapalahti vastaa.

"Kaikesta huolimatta useat epidemiat tulevat puskista. Länsi-Afrikan laajaa ebolaepidemiaa ei kukaan osannut ennakoida, eikä kukaan arvannut, että zika aiheuttaisi ongelmia sikiöille. Odota odottamatonta, se on paras neuvo."

Kuva: Eneas De Troya / Flickr (Kuvassa on meksikolainen ratsupoliisi hengityssuojain kasvoillaan vuonna 2009)

*

Juttu perustuu lähes suoraan Helsingin yliopiston tiedotteeseen.

Tartuntatauteja käsitellään myös Helsingin yliopiston Studia Generalia -luennolla 3.maaliskuuta. Silloin professori Jussi Huttunen kertoo lisää jutun aiheesta esitelmässään ”Miten taudit leviävät, kukoistavat ja kuolevat”.

Uusi paljastus zikaviruksesta: onko syynä epämuodostumiin hyttysmyrkky?

Ti, 02/16/2016 - 23:45 Jari Mäkinen
Keltakuumehyttynen


Uutisissa kerrotaan parhaillaan huolestuttavia uutisia zikaviruksen leviämisestä ja sen aiheuttamista vauvojen epänormaalin pienistä päistä ja aivoista. Nyt kuitenkin erääksi mahdollisuudeksi epämuodostumiin on tarjolla hyttysmyrkky, joka oli tarkoitettu muun muassa zikaa tartuttavien hyönteisten tappamiseen.


Uusien väitteiden mukaan kyseessä olisi aine nimeltä pyriproksyfeeni (C20H19NO3), jonka valmistaja on maatalouskemiajätti Monsanton alihankkija Sumimoto Chemical.

Huhujen perustana on viime viikolla julkaistu argentiinalaisen hyönteismyrkkyjä vastustavan ryhmän kirjoitus, missä Sciencealert -sivuston mukaan todetaan, että ”alueilla, missä on kaikkein eniten sairastuneita ihmisiä, on levitetty viimeisen 18 kuukauden aikana hyttysille epämuodostumia aiheuttavaa myrkkyä (pyriproksyfeeni) juomaveteen.”

Koska lausunto on peräisin myrkkyjä vastustavalta ryhmältä, tulee siihen suhtautua kriittisesti, mutta heidän väitteisiinsä kannattaa tutustua tarkemmin.

Ryhmän mukaan ”ei ole sattumaa”, että ihmisten epämuodostumatapaukset ovat ennen kaikkea Brasiliassa alueilla, missä pyriproksyfeeniä on käytetty, kun Colombiassa, missä on Brasilian jälkeen eniten viruksen tartuntoja, ei ole havaittu epämuodostumia.

Kyse ei ole vain nettihuhuista: jo viime kuussa The Washington Post huomautti, että kaikki aivojen ja kallojen epämuodostumatapaukset eivät olleet yhdistettävissä zikavirukseen. Näin todetaan myös THL:n blogissa.

Pyriproksyfeeniä on käytetty trooppisilla alueilla, erityisesti Brasiliassa, hyttysten määrän vähentämiseen, koska hyttyset välittävät zikan lisäksi monia muita sairauksia, kuten denque-kuumetta ja chikungunyaa. Ainetta lisätään muun muassa juomaveteen, koska näin se leviää tehokkaasti.

Maailman terveysjärjestön WHO:n mukaan pyriproksyfeeni on turvallista ja Monsanto on ennättänyt tuomitsemaan aineen vaarallisuuden jo kategorisesti.

Brasiliassa aineen käyttäminen on kuitenkin toistaiseksi keskeytetty, varmuuden vuoksi.

Kuva: Zika on erityisen vaarallinen raskaana oleville, riskialueilla liikkuville naisille. Terveyden ja hyvinvoinnin laitos suosittaa harkitsemaan ei-välttämättömän matkan lykkäämistä epidemia-alueille, missä zikavirus leviää aktiivisesti. 

 

Brasilian viranomaiset ovat tähän mennessä varmistaneet 462 mikrokefaliatapausta, 41 tapauksessa zikavirusinfektio on varmistettu. Lähes 800 aiempaa mikrokefaliaepäilyä on osoittautunut vääräksi ja 3800 on vielä selvitysten alla.

Viranomaisten mukaan zikaviruksen ja vauvojen epämuodostumien välillä on varma yhteys, kun taas pyriproksyfeenin ja epämuodostumisen väliltä ei ole löydetty tieteellisesti yhteyttä. 

”Lisäksi on tärkeää huomata, että epämuodostumia on raportoitu myös alueilta, joilla ei ole käytetty pyriproksyfeeniä”, sanotaan brasilialaisten lausunnossa.

Koska ainetta käytetään myös muualla maailmassa, on myös omituista, että vastaavia tapauksia ei ole havaittu muualla. Esimerkiksi Euroopassa aine on ollut sallittu (joskaan ei juomavedessä) 1990-luvun lopulta alkaen ja sitä on tutkittu monin eri tutkimuksin.

Myös zikavirusinfektion mahdollista yhteyttä Guillain-Barrén oireyhtymään selvitetään edelleen. Yhteyden osoittaminen on kuitenkin hankalaa sillä kyseinen oireyhtymä on liitetty myös moneen alueella yleisesti esiintyvään infektiotautiin, kuten juuri dengue ja chikungunya.

Mistä zika on peräisin?

Zikavirus ei ole tutkijoille mikään uutuus. Se löydettiin ensimmäisen kerran Ugandasta 1950-luvulla ja se on ollut varsin harmiton tähän saakka. Keltakuumehyttysen (Aedes aegypti) välityksellä leviävä tauti aiheuttaa tyypillisesti kuumetta, lihaskipuja ja joskus silmätulehduksia, ja sitä voi pitää normaalia kausi-influenssaa vaarattomampana. 

Taudin itämisaika on 3–12 päivää.

Viruksen on kuitenkin havaittu olevan haitallisen raskaana oleville, sillä se saattaa aiheuttaa lapselle pienipäisyyttä ja kehitysvammaisuutta. 

Kartta zikaviruksen levinneisyydestä

Virus on levinnyt viime vuoden lopulla erityisesti Etelä- ja Keski-Amerikassa, mistä satunnaisia tautitapauksia on levinnyt myös Eurooppaan ja Yhdysvaltoihin. Tautia tavataan myös osissa Afrikkaa ja Aasiassa.

Viime vuosina joillain eteläisen Amerikan alueilla jopa 75% väestöstä on havaittu viruksen kantajiksi, mutta epämuodostumien määrä ei ole ollut missään niin suuri kuin nyt alueilla Brasiliassa, missä on käytetty laajalti pyriproksyfeeniä.

Hyttysmyrkytysten on arveltu olevan tehokkain tapa hillitä zikan (ja muiden hyttysten levittämien tautien) leviämistä, kunnes virusta vastaan on ennätetty kehittää rokote. Tähän arvellaan kuluvan vielä 18 kuukautta. 

Työtä tehdään noin 15 lääketieteen laboratoriossa ympäri maailman. Tähän mennessä kaikkein lupaavimmat rokotteet on tehty Yhdysvaltain kansanterveyslaitoksessa ja intialaisessa Bharat Biotech -yhtiössä. 

Nyt kuitenkin rokotteen kehittämisen lisäksi täytyy tutkia aiempaa tarkemmin zikan ja pyriproksyfeenin välinen yhteys – ja kenties mikä muu mahdollisesti vaikuttaa asiaan, sillä tässäkään asiassa ei näytä olevan suoraviivaista selitystä.

Lue lisää zikaviruksesta THL:n blogissa ja THL:n zika-tietopaketista.

30 000 -vuotias jättivirus herätetty henkiin

Ti, 03/04/2014 - 09:22 Toimitus

Ranskalaistutkijat ovat herättäneet uudelleen henkiin jättiläiskokoisen viruksen, joka on peräisin mammuttien aikakaudelta yli 30 000 vuoden takaa. Virus löytyi Siperasta jäätyneestä maaperästä noin 30 metrin syvyydestä, mistä aikaisemminkin on löytynyt omalaatuisia, suuria viruksia.

Pithovirukseksi (kreikan kielen suurta syöntikulhoa merkitsevän sanan pithos mukaan) nimetystä löydöstä kerrottiin PNAS-julkaisussa helmikuun lopussa olleessa artikkelissa.

Virus on löytynyt ja sitä on elvytetty kansainvälisenä yhteistyönä, mutta varsinainen työ tehtiin Aix-en-Provencen yliopistossa eteläisessä Ranskassa. Siellä Jean-Michel Claverien tutkimusryhmä on tehnyt tutkimusta jättiviruksista jo pitkään ja he olivat löytäneet myös tätä ennen suurimman tunnetun viruksen, pandoraviruksen.

Nyt löytynyt uusi virus on erilainen ja noin 30% sitäkin kookkaampi: 1,5 mikrometriä pitkä ja 0,5 mikrometriä leveä. Se on niin kookas, että sen pystyy näkemään tavallisella mikroskoopilla.

Suuremmasta koostaan huolimatta siinä on vain viidesosa pandoraviruksen noin 2500 geenistä, ja niistä vain viisi on yhteisiä. Kyseessä on siis aivan omalaatuinen, primitiivinen virus.

Aiemmin virusten DNA:ta on harsittu kokoon osista keinotekoisesti, mutta nyt löytyneessä viruksessa tätä ei tarvinnut tehdä, vaan virus pystyttiin sulattamaan kokonaisena.

Jättivirukset olivat todennäköisesti aikoinaan samasta maaperästä löytyneiden ameeboiden harmina ja nytkin tämä virus pystyi tarttumaan ameebaan. Tämän pithoviruksen ei kuitenkaan ole havaittu olevan vaarallinen hiirille tai ihmisille, mutta ameeboille se on tappava.

Onkin mahdollista, että maaperän sulaessa ikijäähän jääneet virukset voisivat noin vain virota ja alkaa jälleen toimimaan. Siksi tutkijat muistuttavat, että mikäli Siperian jäisessä tundrassa työtä tekevät öljynporaajat ja kaikki muut sulavilla ikijääalueilla työskentelevät  sairastuvat omituisiin tauteihin, kannattaisi heidät laittaa karanteeniin välittömästi ja tutkia tarkasti mistä sairaus johtuu.