mobiilisovellus

Suuri harppaus eteenpäin: DNA selville käynnykällä

Pe, 01/20/2017 - 10:49 Toimitus

Mainoksen mukaan jokaista käyttöä varten on mobiilisovellus. Ihan pelkkä softa ei vielä riitä DNA:n analysointiin, mutta nyt sen vaatima laitteistokin on niin pieni, että se voi toimia kännyn lisävarusteena. Ja tämä on vasta alkua.

Ruotsalais-kalifornialainen tutkijaryhmä on valmistanut DNA-analysaattorin, joka voi toimia matkapuhelimen kanssa ja joka on niin pieni, että sitä voi äkkiseltään ajatellen pitää varsin massiivisena suojana puhelimelle. 

Laitteessa on kaksi laseria, valkoisen valon LED-valo ja suodattimia sekä optiikkaa yhdessä pienen valoa analysoivan ilmaisimen kanssa, ja se pystyy toimimaan tarkkana molekyylimikroskooppina ja tonkimaan geeniperimää selville.

Täyttä geenikartoitusta tällä laitteella ei voi tehdä, mutta se pystyy näyttämään onko solunäytteen kromosomissa merkkejä tuberkuloosista tai syövästä. Niin sanotussa sytogeneettisessa tutkimuksessa katsotaan kromosomien määrää ja rakennetta, ja tämä voidaan tehdä mikroskoopilla. Jos kromosomissa on katkoksia tai muutoksia, voi tämä olla merkki sairaudesta.

Laitteen tietokoneena toimii matkapuhelin. Unohdamme aika usein, että nykyiset älypuhelimet ovat hyvin tehokkaita tietokoneita ja ne ovat järeämpiä laskimia kuin supertietokoneet olivat vielä jokin aikaa sitten.

Normaalisti tämä DNA-tutkimus pitää tehdä laboratoriossa, mutta nyt – jos ja kun tämä noin 500 euroa maksava laite saadaan massatuotantoon – voidaan geenitesti tehdä melkeinpä missä vain ja milloin vain. Perinteiset tällaiset laitteet maksavat sata kertaa enemmän.

Yllä olevat kuvat näyttävät mitä laite pitää sisällään: se on "normaali" DNA-mikroskooppi, mutta vain kompakti, kenttäkelpoinen ja edullinen.

Kuten laboratorioissa olevissa laitteissa, kiinnitetään näytteen soluja mikroskooppilaseille ja kromosomit värjätään, jotta ne näkyvät paremmin. Mikroskoopin ottamat kuvat siirretään matkapuhelimeen, missä oleva ohjelmisto analysoi niitä.

Tarkempia tietoja laitteesta ja sen toimintaperiaatteesta on tuoreessa Nature Communications -julkaisussa ilmestyneessä artikkelissa (mistä yllä oleva kuvakin on).

Kun DNA-analysointitekniikka menee tästä vielä eteenpäin ja geeniperimän kartoitus voisi tapahtua nopeammin ja hyvinkin pienissä laitteissa, voitaisiin esimerkiksi avaimet korvata tällaisilla laitteilla. Tulevaisuuskuvissa esimerkiksi oveen voisi vain sylkäistä, jolloin se tutkisi kuka on tulossa sisään ja avautuisi vain kun se havaitsisi valtuutettujen henkilöiden DNA:ta näytteessä. 

Myös poliisille tällaiset laitteet olisivat käteviä – kuten myös erilaisille parempaa valvontaa ja vaikoilua havitteleville tahoille.

Etsitkö piknik-paikkaa? #hylo auttaa.

Ke, 08/10/2016 - 12:26 Toimitus

Ei enää pelkkää Pokemonia känny kädessä! Uudella suomalaisella #hylo-ovelluksella voi saada tietoa vaikka liikenneruuhkasta, jalkapallojoukkueensa tulevasta pelistä tai vinkata hyvän marjapaikan.

MyGeoTrust Paikkatietokeskuksen johtama suomalaisten yliopistotutkijoiden konsortio, joka kehittää paikkatiedon ja mobiilidatan joukkoistamisen tulevaisuutta.

Sen lähtökohta on, että ihmisellä on oikeus kontrolloida, mitä tietoa hänestä kerätään ja miten paljon hän haluaa itse jakaa paikkatietoaan. Tietoa jaetaan yhteiseksi hyödyksi, eikä sitä hyödynnetä esimerkiksi mainosten myymiseen.

#hylo on sen tuorein tuotos: sen avulla kuka tahansa voi jakaa ja saada tietoa lähialueestaan. 

Sovelluksen käyttäjät laittavat kartalle geonoteiksi kutsuttuja virtuaalisia ilmoituksia. Geonoteen lisätään tunnisteita sekä paikkoja, esimerkiksi ”#liikennehäiriö @länsi-pasila”, ja valitaan, kuinka kauan geonote on näkyvissä. Geonote voi olla enimmillään näkyvissä yhdeksän kuukautta. Liikenneruuhkasta varoittavan geonoten voi laittaa näkymään vaikka vain päiväksi.

Android-laitteisiin ladattavissa oleva #hylo on ilmainen sovellus, joka hyödyntää tiedontuotossa joukkoistamista eli käyttäjät itse tuottavat palvelun sisällön.

#hylo tarvitsee toimiakseen MyGeoTrust-sovelluksen, jonka avulla pystyy hallinnoimaan oman paikkatietonsa yksityisyyttä. MyGeoTrust on pohja muille MyGeoTrustin sovelluksille. Sen avulla valitaan tai räätälöidään oma yksityisyysprofiili eli määritellään, mitä tietoja haluaa jakaa.

MyGeoTrustilla ja sen sovelluksilla on jo 1 500 käyttäjää, ja päinvastoin kuin monissa muissa paikkatietoon perustuvissa palveluissa, voi suomalaissovelluksissa käyttäjä itse määritellä, mitä tietoa haluaa jakaa itsestään. Yleensä vaihtoehtoja on vain kaksi: joko käyttäjä jakaa palvelun tarjoajalle kaikki tietonsa, tai sitten ei käytä kyseistä palvelua.

MyGeoTrust ja #hylo ovat saatavilla Google Play Storesta.

Lisää MyGeoTrustista voi lukea projektin sivuilta ja lisää #hylosta voi lukea sovelluksen sivuilta. Projektia voi seurata Twitterissä: @mygeotrust, #mygeotrust.

Juttu on Paikkatietokeskuksen tiedote hieman editoituna.
Otsikkokuva: Flickr /  Arria Belli

Maastohiihdon tulevaisuus vaarassa: tutkijat kutsuttu apuun

Ma, 02/22/2016 - 11:56 Toimitus
Hiihtäjiä Otepäässä vuonna 2006


Suomi ja hiihtäminen kuuluvat yhteen. Ilmastonmuutoksen myötä kuitenkin maastohiihto käy yhä vaikeammaksi, joten hiihtoharrastus kaipaa apua. Suomen ympäristökeskuksen ja Luonnonvarakeskuksen uusi verkkotyökalu auttaa arvioimaan maastohiihdon tulevaisuutta Suomessa.

 

Ympäristökeskuksen hydrologi Noora Veijalainen sanoo sen suoraan: "Suotuisat luonnonolot maastohiihdon harrastamiseen vähenevät tulevina vuosikymmeninä etenkin Etelä-Suomessa. Pohjois-Suomessa hiihtäminen onnistuu tulevaisuudessakin, tosin sielläkin hiihtokausi lyhenee nykyisestä."

Lumen varastointi ja keinolumi voivat auttaa hieman tilannetta, mutta kun ulkona on keskimääräistä lämpimämpää, ei lumi kestää maastossa kovinkaan kauaa. Teknisiä ratkaisuita luonnollisesti on paljon alkaen jäähallien tapaan jäähdytetyistä laduista päätyen hiihtoputkiin, mutta nämä ovat kalliita ja sopivat vain tiettyihin paikkoihin. Myös hiihtäminen keinoladulla harmaassa maisemassa tai tunnelissa ei tunnu lainkaan samalta kuin sujakointi valkoisessa metsässä.

Etelä-Suomessa hiihtäminen todennäköisesti vähenee

Kuinka hiihtäjät reagoivat harrastusolojen muutokseen? Lopettavatko he harrastuksen kokonaan vai ovatko he valmiita matkustamaan pitkiä matkoja päästäkseen hiihtämään?

Luonnonvarakeskuksen tutkija Marjo Neuvonen päätti ottaa tästä selvää ja haastatteli eri puolilta Suomea 769 hiihtäjää, jotka olivat iältään 15-74 vuotiaita.

”Hiihtäjiä on enemmän pohjoisessa kuin etelässä ja tämä ero nähtävästi entisestään kasvaa tulevaisuudessa, kun osa Etelä-Suomessa asuvista luopuu hiihtoharrastuksesta ilmastonmuutoksen myötä”, ennakoi Neuvonen.

Kysely liittyi uuden verkkotyökalun, Suomen kansallisen ilmastonmuutosportaalin kehittämiseen. Sen avulla muutos voidaan visualisoida helposti ja työkalu pystyy myös osoittamaan muutokselle herkät alueet. Näin tilanteeseen voidaan varautua ja joissain tapauksissa myös tilannetta voidaan parantaa olemalla aktiivisia jo etukäteen.

Suomen kansalliseen ilmastonmuutosportaaliin kehitetty uusi karttatyökalu osoittaa, kuinka lumiolot muuttuvat.

Palvelussa voi valita eri muuttujia, joiden avulla voi tarkastella muutosta oman kunnan alueella. Niiden avulla voi luoda karttoja, joista selviävät muutokselle herkimmät alueet Suomessa.

”Karttatyökalun avulla käyttäjät voivat tarkastella muutoksen vaikutuksia Suomen eri osissa ja keinoja, joilla näihin muutoksiin voidaan sopeutua”, tutkimusta johtanut SYKEn professori Tim Carter kertoo.

Työkalun toivotaan auttavan palveluntarjoajia hiihtomahdollisuuksien suunnittelussa ja kehittämisessä. Sen toivotaan myös lisäävän tietoisuutta ilmastonmuutoksen vaikutuksista.

Suomen kansallinen ilmastonmuutosportaali on osa Ilmatieteen laitoksen ja Suomen ympäristökeskuksen ylläpitämää Ilmasto-opas.fi-portaalia, mihin tietoa saadaan myös monilta tutkimuslaitoksilta, muun muassa Luonnonvarakeskuksesta.

Artikkeli Suomen maastohiihdon tulevaisuudesta ilmastonmuutoksen varjossa ja karttasovelluksen kehittämisestä julkaistiin jo viime lokakuussa Journal of Outdoor Recreation and Tourism -lehdessä.

Tämän jutun pohjana on Suomen ympäristökeskuksen tiedote.

Älä tunge mikromuovia naamaasi ja suuhusi

Ke, 06/10/2015 - 17:42 Toimitus

Joka kerta, kun peset polyesteripohjaista vaatetta, huuhtoutuu pesuveden mukana noin 1900 pientä kuidunpalasta eteenpäin veden kiertokulussa. Joka ikinen muovipussi, myös maatuva sellainen, tuottaa suuren määrän muovihiukkasia. Ja joka kerta, kun käytät kosmetiikkaa, mihin on  varta vasten lisätty muovihitusia, lisäät myös muoviroskan määrää ympäristössämme.

YK:n ympäristöohjelman arvion mukaan valtamerissä kelluu noin 13 000 muovin palaa jokaista neliökilometriä kohden, ja tästä suurin osa on tätä jatkuvasti pienemmiksi pilkkoutuvia muovinpalasia, niin sanottua mikromuovia. 

Tämä mikromuovi on siinä mielessä ikävää, että muovi ei käytännössä hajoa ympäristössä kerran sinne jouduttuaan. Jätevedet kuljettavat mikromuovit nopeasti vesistöön, jossa ne hajoavat yhä pienemmiksi, eivätkä jätevedenpuhdistamot pysty suodattamaan niitä tehokkaasti.

Siinä missä suuret luonnossa olevat muoviriekaleet ja -kappaleet ovat haitallisia ja vaarallisia eläimille, ei mikromuovista sinällään ole toistaiseksi selvää tutkimustietoa. Mutta luonnollisestikaan se ei ole hyvä asia: tämä mikromuovi on levittäytynyt siinä määrin jo joka puolelle planeetallamme, että sitä on jopa lähes jokaisessa suupalassa, jonka syömme. 

Ranskassa tehdyn tutkimuksen mukaan esimerkiksi normaalissa ravintolassa tarjottavassa simpukka-annoksessa on noin 500 mikromuovihitusta. Suomalaispöydissä muovia on erityisesti merikalatuotteissa; Helsingin ympäristökeskuksen tutkimukset osoittavat, että mikromuovia on lähes kaikista Helsingin merialueella kerätyistä pintavesi- ja sedimenttinäytteistä; MARLIN-projektin (Baltic Marine Litter Project) tutkimuksen mukaan puolestaan 75% kaikesta Suomen rannoilta löytyneestä jätteestä on muovia.

Ongelmana on myös se, että vaikka muovi sinällään ei olisi ehdottoman haitallista, se näyttää keräävän itseensä ympäristömyrkkyjä. Muovien myrkkypitoisuudet voivat olla jopa miljoona kertaa suurempia verrattuna niitä ympäröivään veteen. 

Mikromuovi ja kosmetiikka

Erityisen ikävää mikromuovi on tuotteissa, mihin sitä varta vasten lisätään. Tällaista on muun muassa kosmetiikka, missä muovimateriaaleja eritoten poishuuhdeltavissa kosmetiikkatuotteissa, kuten kuorintavoiteissa sekä myös hammastahnoissa.

Vaikka kosmetiikka-alalla pyritään yhä useammin korvaamaan mikromuoveja toisilla ainesosilla ja esimerkiksi EU-ympäristömerkki tulee kieltämään mikromuovit saippuoissa ja shampoissa varsin pian, on markkinoilla paljon mikromuoveja sisältäviä tuotteita.

Julkaisimme talvella testin suomalaisen CosmEthicsin mobiilisovelluksesta, joka auttaa kuluttajaa välttämään kosmetiikan haitallisia ja allergisoivia aineita. Nyt sovellus tunnistaa myös mikromuoveja sisältävät tuotteet.

Toimitusjohtaja Katariina Rantasen mukaan yhtiö on lisännyt tietokantaan kaikkiaan 16 erilaista muovia yhteistyössä Suomen ympäristökeskuksen kanssa ja tehnyt niistä valmiin ei-toivottujen aineiden listan, jonka kuluttaja voi halutessaan aktivoida.

Rantasen mukaan yhtiö laajentaa parhaillaan tietokantaa ja yrittää saada lisättyä sinne mahdollisimman monta tuotetta ainesosaluetteloineen. 

“Tuotteita lisätään tietokantaan päivittäin noin sata, ja helmikuun lopussa niitä oli siellä jo noin 20 000”, hän kertoo. 

Muovien estolistalla olevien 16 muovin joukossa ovat Rantasen mukaan esimerkiksi polypropyleeni ja polyetyleeni, joista jälkimmäistä käytetään hänen mukaansa kuorintavoiteissa edullisuuden ja hyvien kuorintaominaisuuksien takia.

“Kosmetiikkateollisuudella olisi mahdollisuus korvata kuorintavoiteiden mikromuovi luonnon omilla raaka-aineilla, kuten esimerkiksi siemenistä valmistetulla murskeella, mutta sitä ei useinkaan tehdä niiden kalleuden takia”, hän lisää.

Kännysovelluksella mikromuoveja vastaan

Vuonna 2013 perustettu Cosmethics työllistää vakituisesti kolme henkeä ja on Rantasen mukaan tällä hetkellä pitkälti yksityisten ja julkisten sijoittajien varassa. Tulevaisuudessa toiminnasta on tarkoitus saada kannattavaa affiliate-toiminnalla, jolloin kuluttaja voi ostaa applikaation kautta minkä tahansa haluamansa itselleen sopivan kosmetiikkatuotteen.

Sitten esittelynsä on sovellukseen lisätty uusia ns. estolistoja, joiden avulla käyttäjät voivat muokata sovellusta omien toiveidensa mukaiseksi. Esimerkiksi yhtiö on juuri saanut Turvallisuus- ja kemikaalivirasto Tukesilta tiedot kaikista hajusteallergeeneista ja jo aikaisemmin sovellukseen on lisätty estolistat väriaineissa ja säilöntäaineissa käytettäville herkistäjille. Myös vegaaneille tarkoitettu lista eläinperäisten aineiden välttämiseksi.

Rantasen mukaan sovelluksella on myös jo oletusasetuksissa esto parabeeneille, formaldehydille ja ftalaateille, koska niillä on pitoisuutta koskevia raja-arvoja.

Marja Saarikko on kirjoittanut Cosmetics-osan.

Turkulaiset voittoisina ESA App Camp -kilpailussa

Turkulainen, Agrai-sovelluksen tehnyt työryhmä voitti eilen Barcelonassa Mobile World Congress 2015 -tapahtuman yhteydessä järjestetyn Euroopan avaruusjärjestön sovelluskilpailun. Avaruustekniikkaa ja satelliittien keräämiä tietoja hyödyntävien sovellusten ESA App Camp -kilpailun kansallinen kilpailu pidettiin tammikuun lopussa myös Suomessa, ja sieltä paikan loppukilpailussa saivat Otso Rasimus, Matti Määttänen, Aarni Koskela ja Henrik Skogström

Ja nyt nelikko voitti Barcelonassa kilpailun toisen kategorian, SAP Challengen. Palkinnoksi työryhmä saa paitsi mainetta ja kunniaa, niin myös 5000 euroa rahaa ja matkan kilpailua sponsoroineen SAP-yhtiön toukokuussa Floridassa, Orlandossa, pidettäville Sapphire-messuille.

ESA App Camp BarcelonassaAgrai-sovelluksen avulla maanviljelijät voivat optimoida peltojensa lannoittamista ja sadonkorjuuta. Sovellus käyttää hyväkseen kaukokartoitussatelliittien keräämiä tarkkoja tietoja maaperästä ja siitä, miten esimerkiksi lannoitusta on kustannustehokasta säätää hyvinkin tarkasti yksittäisillä pelloilla.

Esimerkiksi lannoittamisen tarpeen suunnittelua tutkijaan parhaillaan monissa eri hankkeissa ja sitä on testattu useissa kokeissa, mutta tekniikan saaminen arkiseen käyttöön helpon sovelluksen avulla olisi merkittävä askel eteenpäin. 

Agrain valttina on se, että se antaa maanviljelijöille tietoja laaja-alaisesti mm. säätilasta, kasvukauden edistymisestä ja arvioidusta sadonkorjuuajankohdasta. Sovellus antaa maanviljelijälle tietoa kasvukauden edistymisestä ja sadon oletetusta valmistumisajankohdasta. Näin viljelijä voi pyrkiä esimerkiksi lannoitus- ja sadonkorjuuajankohtien optimointiin. 

Suomen osakilpailun tuomaristo piti ehdotusta pitkälle mietittynä ja selkeänä, ja kommentit saivat jatkoa Barcelonassa. Sovelluksessa nähdään kaupallista potentiaalia, sillä se tarjoaa käyttäjälleen mahdollisuuden saada suurempi sato ja siten myös taloudellisesti parempi tulos. Sovelluksen arvioitiin tarjoavan myös runsaasti mahdollisuuksia jatkokehittelyyn Internet of Things -ajattelun (esineiden internet) mukaisesti.

Turkulaiset käyvätkin nyt keskusteluja SAP:n ja ESAn yrityshautomojen kanssa sovelluksen jatkokehittämisestä. 

Loppukilpailuun Barcelonassa osallistui kuusi työryhmää, ja niiden taso oli hyvin korkea. Pääpalkinnon voitti Bristolin yliopiston opiskelijoiden Code Green -ryhmä Iso-Britanniasta. Muut osallistujat olivat Alankomaista, Italiasta, Saksasta ja Portugalista.

Sismos Perú – maanjäristystietoa perulaisille

Ke, 12/03/2014 - 14:27 Jari Mäkinen
Laama ja sismos peru

Perun geofysiikan instituutti kertoi maanantaina tiedotteellaan uudesta älypuhelinsovelluksesta, jolla pystyy seuraamaan reaaliajassa lähiseutujen maanjäristyksiä.

Perussa maa järisee käytännössä koko ajan, tilastollisesti päivittäin, joskin suurin osa näistä tärinöistä on sen verran pieniä, että jatkuvaan maanjäristysvaaraan tottuneille perulaisille ne eivät ole mitenkään omituisia. Mutta toisinaan maanjäristykset ovat suurempia – ja joskus ne tapahtuvat merellä, jolloin on aina tsunamivaara. Siksi Perussa on kehitetty hyvä tiedotusjärjestelmä maanjäristyksistä, mihin tämä uusi kännysovellus on erinomainen lisä.

Erityisen kiinnostavaa suomalaisittain tässä sovelluksessa on se, että sen on tehnyt Ossi Väänänen, Otaniemestä vuonna 2004 valmistunut ohjelmistodiplomi-insinööri.

“Eräs inversiomatemaatikkokaverini väitteli Sodankylän geofysiikan observatoriossa parisen vuotta sitten ja kaverin vastaväittäjänä oli tohtori Jorge Chau, silloinen [Perussa sijaitsevan] Jicamarcan radio-observatorion päällikkö”, kertoo Ossi Perusta lähettämässään sähköpostissa.

“No, saunoimme siinä pimeässä syysillassa ja hän kertoi, että maanjäristyksistä reaaliajassa kertova mobiilisofta ja -järjestelmä olisi hyvä olla, ja lupasin tehdä sen huvikseni jos pääsen vastaavasti vierailemaan Perussa radio-observatoriolla. Tein mobiilisoftat ja palvelinsoftat viimeisen parin vuoden aikana.”

Ossin mukaan kyseessä oli ns. pikku homma, eli työmäärä sinällään ei ollut kovin suurin, mutta softat laitettiin vasta nyt levitykseen. Ne ilmestyivät sovelluskauppoihin marraskuun puolivälissä ja niistä tiedotettiin julkisesti nyt toissapäivänä (Android ja iPhone).

Ohjelmistoissa on Perun geofysiikan instituutin maanjäristysdata vuodesta 1964 lähtien ja järistyksiä voi tarkastella esim. kartalla. Ajantasaista tietoa maanjäristyksistä tulee reaaliajassa instituutin mittausjärjestelmästä, joista mobiilisovellukset käyvät hakemassa lähes koko ajan tietoa.

“Ne hyödyntävät alustojensa ns. push-viestikanavaa (iOS-laitteissa Apple Push Notification Service, androidissa Google Cloud Messaging), joka siis on mobiilisoftan kannalta asynkroninen kanava suunnilleen reaaliaikaiseen datan toimittamiseen laitteeseen”, Ossi tarkentaa ja kertoo vaatimattomasti tehneensä kyseisen serveriohjelmiston, joka vastaanottaa instituutin mittausjärjestelmästä tulevia raportteja ja siirtää ne edelleen Applen ja Googlen palveluihin.

Ossi teki siis ohjelmistot harrastuksena, joskin palkkiokseen hän mainitsee sen, että työtä tehdessä hän oppi espanjaa, jonka kirjoittaminen ja puhuminen sujuu häneltä nyt kohtuullisen hyvin. “Se oli hauskaa ja hankkeesta on perulaisille paljon enemmän hyötyä ja iloa kuin itselleni vaivaa.” Päätyönään Ossi on mobiiliohjemistojen tekijänänä IDT Messaging Oy -nimisessä yhtiössä, jonka toimet eivät liity mitenkään maanjäristyksiin. “Tosin työnantajani mielestä tällaiset pro bono -hankkeet ovat hyvä juttu”.

Kuva: Ossi Väänänen Perun geofysiikan instituutin edessä